Novais foi docente do Departamento de História, entre 1961 e 1986, e Professor Emérito da FFLCH.
Ele nasceu em Guararema, em São Paulo, em 1933. Formou-se em História pela USP em 1958, onde também concluiu seu doutorado (1973).
Em 1957 iniciou sua carreira como professor na Faculdade de Economia da USP e em 1961 tornou-se professor na cadeira de História Moderna da FFLCH, onde permaneceu até sua aposentadoria em 1986. Logo em seguida, transferiu-se para o Instituto de Economia da Unicamp, onde foi professor de História Econômica.
No final dos anos 1950, ao lado de nomes como José Arthur Giannotti e Fernando Henrique Cardoso, articulou o chamado Seminário Marx – movimento que inovou a leitura da obra de Karl Marx no Brasil.
Ele lecionou na Universidade do Texas duas vezes e participou de debates e seminários em outras universidades americanas, como a Universidade Columbia e a Universidade da Califórnia.
Novais publicou dezenas de artigos e livros sobre a história do Brasil e Portugal. Sua obra maior é Portugal e Brasil na Crise do Antigo Sistema Colonial (1877-1808), publicada em 1979. Neste trabalho, ele analisou a política colonial portuguesa relativa ao Brasil nas suas últimas etapas.
Nos anos 1990, coordenou a equipe de profissionais que redigiu História da Vida Privada no Brasil, coleção publicada pela Companhia das Letras.
Em 2005, publicou uma coletânea com os seus principais artigos acadêmicos com o título Aproximações: Estudos de História e Historiografia.
A Companhia das Letras divulgou uma nota de pesar: “Fernando Novais influenciou inúmeros intelectuais e estudantes das gerações seguintes, como Lilia Moritz Schwarcz. A editora se solidariza com seus familiares, amigos, leitores e alunos”.
Novais deixa dois filhos, netos e bisnetos.
